英格恩生物技术博客 生物实验干货分享
对每个基因设计并检测两到四个siRNA序列 为了找到潜在靶位点，扫描靶基因中的AA序列。记录每个AA 3’端19个核苷酸作为潜在siRNA靶位点。潜在靶位点需通过GENBANK数据库的BLAST分析，去除那些与其它基因明显同源的靶位点。如果可能，siRNA应根据mRNA低二级结构的区域设计。 选择低GC含量的siRNA 纯化体外转录siRNA 在转染前要确认 …
阅读更多 »在哺乳动物细胞中通过反义寡核苷酸抑制miRNA 功能
向哺乳动物细胞内转染反义寡核苷酸从而抑制miRNA 功能的具体方法参照本方案。通过检测miRNA 靶蛋白水平或携带miRNA 靶基因的3’端非翻译区( 3UTR ) 报道基因的活性来检测ASO 对于miRNA 的效应。本方案主要针对24 孔板设计，如果用其他多孔板、细胞瓶或不同直径培养皿培养细胞，需根据孔／瓶表面积计算细胞密度和试剂体积 试剂 A …
阅读更多 »小RNA 的Northern 杂交分析
该方案描述如何运用Northern 杂交检测15~150 个核昔酸的小RNA （图1) 。通过聚丙烯酰胺凝胶电泳分离总RNA, 再采用半干法进行转膜。RNA 通过紫外线照射交联至尼龙膜上，在Church 缓冲液中对RNA 和α-32p标记的寡核昔酸探针进行杂交，并用磷酸成像分析技术(phosphorimager analysis) 进行检测分析。使用包含两个 …
阅读更多 »丁醇抽提法浓缩核酸
用仲丁醇（ 2 －丁醇）或正丁醇（ 1 － 丁醇）等溶剂萃取水溶液时，部分水分子会进入有机相，而核酸依然留在水相。重复抽提几次后可显著减少核酸溶液的体积。这一浓缩方法可用于减少稀溶液的体积，以使核酸易于通过乙醇沉淀得到回收。 试剂 DNA 样品 异丁醇 方法 计算核酸溶液体积，在2 5 °C 下加入等量的异丙醇。轻微、充分混匀两相。 加入过多的异丙醇 …
阅读更多 »采用dsRNA 浸泡果蝇S2 细胞进行RNA 干扰
该方案是一种通过用含有dsRNA 的培养液浸泡果蝇S2 细胞来诱导RNA 干扰的简便方法。与转染方法相比，浸泡操作需要的步骤更少，因此可用于高通量的RNA 干扰筛选。而且， 浸泡避免了转染试剂可能带来的毒性，但是，通过浸泡向果蝇S2 细胞转运dsRNA 的效率与转染方法相比较低。对于通过浸泡dsRNA 难以抑制其表达的基因，可以通过多次转染dsRNA 获得抑 …
阅读更多 »RNA的种类
dsRNAdsRNA 即双链RNA , 是由两条互补链复性形成的RNA 分子，可以被Dicer 酶切割形成siRNA 。 Endo-siRNAEndo-siRNA 即内源性小干扰RNA (siRNA) ，是一类存在于几乎所有真核生物中的小干扰RNA 分子。 exo-siRNAexo-siRNA 即外源性小干扰RNA (siRNA) ，是指通过体内或者体外技术 …
阅读更多 »转子的类型及用途
转子主要有4 种类型：角式、外摆式、连续流式以及区带式。只有角式与外摆式转子是标准的实验室仪器，另外两种只用作专门用途。 角式转子 用途：样品浓缩。实验室中的“苦力” 。 说明：样品沿着与旋转平面成一定角度的方向离心。 优点：离心见效最快。物质具有更高的相对离心力，比在外摆式转子中沉降快。机器的活动组件少，损坏机会小。 缺点：物质被驱向离心管的管壁方向，然后 …
阅读更多 »体外转录法制备dsRNA
该方案是简单而且得到广泛应用的、利用PCR 模板制备双链RNA 的体外转录反应。该方法制备的dsRNA 可以用于在某些细胞或者组织中诱发RNA 干扰。 试剂 琼脂糖凝胶( 1 %)复性缓冲液( 10 X)ATP 、CTP 、GTP 、UTP （ 每种100mmol/L )二硫苏糖醇( DTT ) ( 1mol/L)DNA 分子质量标准dNTP 混合液，每种1 …
阅读更多 »抑制miRNA 功能的反义寡核苷酸制备
本方案用于设计特异性抑制细胞内miRNA 功能的反义寡核昔酸（ASO ) 。2′-O－ 甲基化修饰的反义寡核苷酸（ ASO ) 可以增加其有效性和抗降解能力， 然而3’端胆固醇修饰可以促进ASO 进入细胞内。 设备 连接互联网的计算机 方法 1 从miRBase ( http://rnicroma.sanger.ac. uk/sequences …
阅读更多 »PCR扩增产物出现杂带怎么办？
可能的原因和对应的解决方案如下： 1.引物用量偏大，引物的特异性不高。应调换引物或降低引物的使用量。 2.循环的次数过多。适当增加模板的量，减少循环次数。 3.酶的用量偏高或酶的质量不好，应降低酶量或调换另一来源的酶。 4.退火温度偏低，退火及延伸时间偏长。应提高退火温度，减少变性与延伸时间，也可采用二种温度的 pcr 扩增。以 2 度为梯度设计梯度 PCR …
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