分子信标(molecular beacon)是一种具有发夹结构的新型荧光标记核酸探针,具有高灵敏度、高特异型,其在聚合酶链反应(PCR)、核酸序列的分析、活细胞内核酸的动态检测、蛋白质(酶)与核酸的相互作用等方面具有广泛的应用。 分子信标的结构 分子信标的结构一般包括三个部分:环状区、信标茎干区、荧光基团和猝灭基团。荧光基团一般联接在信标分子的5 端;猝灭基 …
阅读更多 »双脱氧法DNA 测序常见问题
问题 可能原因 解决方法 放射自显影片空白 DNA 聚合酶失活 标记物太旧 用对照引物、模板及试剂进行试验 试剂太旧 替换缺陷试剂 不正确或有缺陷的引物 不正确或有缺陷的模板, 曝光失误(如保留了保鲜膜,凝胶对着胶片的背面等 改正错误 整张放射自显影片太亮/标记物掺入不足 标记物太旧 采用新标记物 酶活性太低 采用 …
阅读更多 »SDS 碱裂解法制备质粒DNA: 少量制备
该实验方案是从少量( l ~ 2mL ) 细菌培养物中分离质粒DNA 。DNA 产量为l00ng~ 5μg , 这取决于质粒的拷贝数。少量的DNA 作为体外酶促反应的底物或者模板是足够的,但是,如果质粒DNA 用于测序则需要进一步纯化。 很多年以来, 碱裂解法提取质粒DNA 一直是标准的方法。如今,人们更倾向于用试剂盒提取。下列方案是早期实验的回顾。 材料 …
阅读更多 »如何制备双链siRNA?
本方案介绍如何将合成的siRNA 有义链和反义链复性形成双链siRNA, 以及利用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对双链siRNA 进行分析。 试剂 丙烯酰胺: 双丙烯酰胺(19 : 1, 40%, m/V)过硫酸铵( 10%, m/V) 复性缓冲液(10 X ) 2‘ 脱保护缓冲液[100 mmol/L 乙酸,用四甲基乙二胺( TEMED) 调整pH …
阅读更多 »反转录定量PCR 分析小RNA
Northern 杂交可以揭示小RNA 的表达水平,同时也可揭示小RNA 的长度,并且是小RNA 验证和定量的标准。然而, Northern 杂交不能用来检测低丰度小RNA, 也不能检测大量的小RNA 种类。相比之下,定量RT-PCR 更加敏感并且可以适用于高通量处理(图1) 。 图1 小RNA 定量RT-PCR 分析流程图。 试剂 mirVana miRN …
阅读更多 »利用有机溶剂分离纯化高分子质量DNA
分子克隆最基础的操作可能就是核酸纯化了。去除蛋白质的关键步骤经常是简单地利用酚:氯仿和氯仿把DNA 从水相中萃取出来。这种萃取可在进行一步法克隆操作前有效灭活和去除蛋白酶。然而,如果是从复杂分子混合物如细胞裂解液中纯化DNA 时,则需要更多的检测。在这些情况下, 一般是在用有机溶剂萃取前,利用蛋白质水解酶如链霉菌蛋白酶或蛋白酶K (表1 ) 去除大部分蛋白质 …
阅读更多 »早期游泳对Shank3基因敲除的自闭症大鼠模型的行为和纹状体转录组的影响
自闭症谱系障碍(ASD)是一种发育障碍,其特点是在儿童期有社会行为缺陷和刻板行为,至今仍缺乏令人满意的医疗干预。早期游泳干预是一种非侵入性的方法,结合了丰富的环境和运动,已被证明可以改善幼儿的大脑发育和治疗神经发育疾病。 2022年3月31日,Yunchen Meng等人在 Neuropsychiatr Disease and Treatment上在线发表题 …
阅读更多 »蛋白质的水平测定-含有去污剂的情况
去污剂是蛋白质生命的一部分,用于细胞裂解以及变性蛋白质,但是去污剂会干扰蛋白质水平和蛋白质功能的测定。 要测定含有去污剂的样品中蛋白质的水平,可以有两个选择: 标准曲线的测定中包括相同比例的去污剂。得到一个准确的定量是必须的。去污剂会影响标准曲线的线性读数,你可以稀释样品到线性范围,但是对于低浓度的蛋白质样品这个方法不可行。 用可以带有去污剂的蛋白质测量方法 …
阅读更多 »小RNA 的Northern 杂交分析
该方案描述如何运用Northern 杂交检测15~150 个核昔酸的小RNA (图1) 。通过聚丙烯酰胺凝胶电泳分离总RNA, 再采用半干法进行转膜。RNA 通过紫外线照射交联至尼龙膜上,在Church 缓冲液中对RNA 和α-32p标记的寡核昔酸探针进行杂交,并用磷酸成像分析技术(phosphorimager analysis) 进行检测分析。使用包含两个 …
阅读更多 »原位杂交实验流程
1.探针的设计与合成 根据实验室已有的p8基因cDNA全长序列,用premier primer5.0设计引物p81和p82,以卤虫cDNA为模板,PCR扩增得到346bp的产物,回收纯化。 引物编号 引物序列 长度 p81 TGCGGACGAAACAGGAAG 18 bp p82 GCTCAAACAGTGATGCCAGT 20 bp 目的片段克隆1)在无菌离 …
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