Rosetta模型是一套用于蛋白质结构预测、分子对接和设计的计算工具集，由2024年诺贝尔化学奖得主，华盛顿大学David Baker教授的实验室开发。Rosetta最初被设计用于蛋白质结构预测，但如今已发展成一套多功能的平台，被广泛应用于蛋白质折叠、蛋白质-蛋白质和蛋白质-小分子相互作用、以及新蛋白质设计等领域。 Rosetta模型的核心功能  1.蛋白质 …

蛋白质结构预测（Protein Structure Prediction）是一项利用计算方法预测蛋白质分子的三维结构的技术。由于蛋白质的功能很大程度上依赖于其三维结构，预测其结构对理解生物过程、药物设计等领域具有重要意义。然而，实验确定蛋白质结构（如X射线晶体学、核磁共振等方法）耗时费力，因此计算预测成为重要替代方法。 蛋白质结构预测的主要方法 同源建模（H …

计算蛋白质设计（Computational Protein Design）是一种利用计算机算法来设计具有特定功能和结构的蛋白质分子的方法。该领域的目标是通过计算预测蛋白质的结构与功能关系，以设计出符合特定需求的全新蛋白质或优化已有蛋白质，应用广泛于药物开发、酶工程、生物材料等领域。 计算蛋白质设计的核心步骤 确定设计目标：首先明确蛋白质设计的目标，例如设计具 …

siRNA（small interfering RNA, 小干扰RNA）并不是从牵牛花的过表达现象中发现的，而是从研究植物基因沉默和RNA干扰现象中逐步发展起来的。siRNA的发现归功于对基因沉默和RNA干扰机制的研究，尤其是科学家在植物、真菌和线虫等生物中对这些现象的观察和研究。 siRNA发现的关键研究 植物基因沉默：在植物中，科学家观察到特定基因可以在 …

通常在进行慢病毒感染后，建议遵循以下操作步骤： 感染后观察细胞状态：感染后一般在48-72小时内可以看到较为明显的表达，但是否开始筛选需要看细胞的状态和感染效率。如果细胞长满了，可以考虑先进行传代，以避免细胞过度拥挤影响生长和感染效果。 喷霉素筛选的时机：喷霉素通常在感染后48-72小时开始筛选，但实际开始筛选的时间取决于感染效率和细胞状态。如果细胞感染后状 …

PBMC细胞（外周血单个核细胞）可以通过电转染（electroporation）进行基因转染。然而，由于PBMC细胞包括T细胞、B细胞、单核细胞和NK细胞等多种类型，且这些细胞对电转染的敏感性和效率存在差异，电转染PBMC细胞需要特定的优化。 一些关键的注意事项包括： 电转染参数：PBMC电转染的参数（如电压、脉冲时间和次数）需要根据细胞类型进行优化。通常， …

使用腺相关病毒（AAV）进行大脑转染是一种常用的基因传递方法，具有较高的特异性和安全性，但在实际操作中也会面临一些问题。以下是一些常见的问题及其解决方案： 转染效率问题： 选择合适的AAV血清型：不同的AAV血清型对不同类型的神经元和大脑区域具有不同的亲和力。选择合适的血清型可以显著提高转染效率。 病毒滴度：确保使用足够高滴度的AAV病毒，但要避免过高的滴度 …

在体外转录法制备dsRNA（双链RNA）的过程中，确定mRNA的靶区域是关键的一步。以下是一些常用的方法和步骤，以帮助确定mRNA的靶区域： 1. 目标基因的选择 首先，确定你想要抑制或研究的目标基因。你需要有这个基因的完整序列信息（通常从基因数据库中获得，如NCBI）。 2. 设计siRNA或shRNA序列 设计小干扰RNA（siRNA）或小发夹RNA（s …

在亲和层析纯化抗体后，通常需要添加稳定剂以保护抗体免受降解。常见的稳定剂包括甘油、糖类（如蔗糖或海藻糖）、以及醇类（如乙醇）。添加这些稳定剂的目的是增加抗体的稳定性，特别是在长期保存或反复冻融过程中。以下是常用稳定剂的添加浓度建议： 1. 甘油 (Glycerol) 甘油常用于抗体溶液的冷冻保存，以防止冰晶形成和蛋白质变性。推荐添加浓度为： 最终浓度：10- …

慢病毒感染后，细胞不生长可能有多种原因。以下是一些常见的原因和解决方法： 病毒滴度过高： 原因：高滴度的慢病毒可能导致细胞毒性，使细胞无法正常生长。 解决方法：降低病毒的滴度，进行一系列稀释实验，找到一个既能有效转染又不影响细胞生长的滴度。 细胞状态不佳： 原因：感染前细胞的健康状态可能影响感染后的生长。 解决方法：确保细胞在最佳状态下进行感染，例如在感染前 …