两个shRNA在转录水平和蛋白水平都有效抑制了基因表达，但是表型做出来却不一致，是为什么？

这种情况可能是由多种因素引起的，以下是一些可能的原因：

1. 转录水平和蛋白水平的不同调控机制：虽然shRNA能够有效地降低目标基因的mRNA和蛋白表达，但有时候蛋白质的功能并不完全依赖于其表达量。有可能是基因表达抑制后，细胞通过一些补偿机制（比如其他途径的上调或活化）来恢复其功能，导致表型不一致。
2. shRNA的特异性和脱靶效应：shRNA可能会靶向与目标基因相似的其他基因，或者通过非特异性途径抑制细胞内其他重要基因，导致表型不一致。脱靶效应是shRNA实验中常见的问题，可能导致原本预期的表型变化没有出现，或者导致不同的表型。
3. 蛋白降解与稳定性：即使shRNA有效降低了mRNA的水平，蛋白质的半衰期也可能较长，因此在短时间内蛋白质水平可能并未显著降低。某些蛋白质可能在长时间的实验过程中依然保持活性，这会影响到实验的表型结果。
4. 细胞的适应性反应：细胞可能在经历shRNA抑制后通过某些适应性机制来弥补基因功能的缺失，从而导致表型上的不一致。例如，其他信号通路可能被激活，帮助细胞恢复一些正常功能。
5. 表型测量方法的差异：有时候表型观察的方法不同也会导致结果不一致。例如，如果表型是通过不同的实验技术或在不同的实验条件下评估的，可能会影响最终的结果。
6. 细胞类型的差异：不同的细胞类型可能对shRNA抑制的反应不同。同一个shRNA在不同细胞系中的效果可能不一致，因此需要确保使用的细胞系适合用于该研究。
7. shRNA的效率：虽然shRNA在转录和蛋白水平上都看似有效抑制了基因表达，但shRNA的抑制效果可能并不完全或者不均匀，特别是在不同细胞群体中的表达水平可能有所不同，导致表型上存在差异。

考虑到这些因素，你可以进一步优化实验设计，例如使用不同的shRNA序列、改进表型检测的方法、增加实验重复次数或检查潜在的脱靶效应等，来找出可能的原因。