双质粒表达系统，如何选择启动子?

1. 使用不同的启动子：为两个质粒选择不同类型的启动子，避免它们之间的竞争

这个建议是针对以下情况的：

• 启动子竞争效应：如果两个质粒使用相同或类似的启动子，尤其是强启动子（例如，CMV启动子），它们可能会争夺有限的转录因子和转录机制资源（如RNA聚合酶）。这种情况下，启动子竞争可能导致一个质粒的表达被抑制，从而影响另一个质粒的表达。

  例如，如果两个质粒都使用CMV启动子，而CMV启动子非常强大，它们可能会“抢占”细胞中的转录因子和RNA聚合酶，导致其中一个质粒的表达受限。因此，为了避免这种竞争效应，在共转染实验中，可以选择为两个质粒使用不同的启动子（例如，一个使用CMV启动子，另一个使用SV40或EF1α启动子）。这种做法有助于避免它们争夺转录资源，从而提高两个质粒的表达量。

2. 确保两个质粒使用相同或兼容的启动子

这个建议是针对以下情况的：

• 启动子强度差异：如果两个质粒使用不同的启动子，但这些启动子的强度差异非常大（例如，一个是CMV启动子，另一个是较弱的启动子），可能会导致强启动子的质粒占用过多的细胞资源，使得弱启动子的质粒的表达量明显降低。为了避免这种情况，使用相同类型或兼容性较强的启动子（例如两个质粒都使用CMV启动子，或者都使用EF1α启动子）可以避免一个质粒因启动子过强而抑制另一个质粒的表达。

  这种情况主要发生在两个质粒的表达强度差异较大时，尤其是当一个质粒使用强启动子而另一个使用弱启动子时。为了确保两个质粒在转录上能获得平衡的资源分配，使用相同或兼容的启动子是一个合理的选择。

总结

• 使用不同的启动子：如果两个质粒使用相同的启动子可能会引起启动子之间的竞争，导致表达不均。因此，选择不同的启动子是为了避免这种资源竞争。不同启动子最好是具有不同转录因子需求的启动子，避免它们之间的直接竞争。
• 使用相同或兼容的启动子：如果你使用了强启动子和弱启动子的组合，强启动子可能会占用大部分的细胞资源，导致弱启动子的质粒表达受限。为了保证表达平衡，可以选择相同或兼容的启动子，特别是在需要保证两个质粒表达水平相对均衡时。

所以，具体选择哪种策略取决于实验的具体目标和所遇到的表达问题。若担心启动子竞争，建议选择不同的启动子；若担心表达不平衡，建议选择相同或兼容的启动子。