请问siRNA转染后48h PCR已经敲低到30%以下，但是60h收蛋白，蛋白显著上调。是什么原因，如何在蛋白水平敲低呢？

对于您的问题，siRNA转染后48小时PCR显示基因表达水平已经显著降低到30%以下，但在60小时检测蛋白时，蛋白水平却出现显著上调，这种情况可能有以下原因和应对方法：

可能的原因：

1. 蛋白降解滞后性：即使mRNA水平在48小时时已经显著下降，但蛋白的降解可能需要更长的时间。蛋白具有相对较长的半衰期，因此在mRNA水平下降之后，蛋白水平的下降会有一定的延迟。
2. 反馈机制：有些基因和蛋白质可能存在反馈调节机制，mRNA水平下降后，细胞可能会通过其他途径激活蛋白的上调，以维持生物功能的平衡。
3. 转录后调控：一些蛋白质的翻译可能会受到转录后调控的影响，即使mRNA水平降低，依然会有翻译延续，导致蛋白在短时间内依然有较高的表达。

解决方案：

1. 延长观察时间：如果希望蛋白水平进一步下降，可以适当延长转染后的检测时间。一般可以在72小时甚至更长时间检测，以确保蛋白质有足够的降解时间。
2. 加快蛋白降解：可以尝试使用蛋白酶体抑制剂等方法，加速目标蛋白的降解过程，从而更快地看到蛋白水平的下降。
3. 提高转染效率：确保转染效率较高，可以增加siRNA或shRNA的剂量或优化转染条件，确保mRNA水平更彻底的敲低，从而加速蛋白的下降。
4. 多次检测：在48小时、60小时和72小时分别收集样本并检测蛋白水平，绘制蛋白表达曲线，确定蛋白降解的时间点。