双脱氧法和化学测序法如何选择？

双脱氧测序法速度快。引物的复性和测序可以在60~90 min 内完成。可以同时制备大量的单链或双链测序样品。如果用³⁵ S标记的dNTP 测序，这种方法可以提供极好的（电泳）条带的分辨率。其主要缺点是模板的组成或二级结构有时会导致测序过早地终止。虽然和Klenow 片段相比，有其他的聚合酶可以减轻这个问题，但有些DNA 序列还是无法用双脱氧法精确地测出来。

化学法的主要优点是能消除用DNA 聚合酶合成DNA 时所碰到的问题，可以测出酶法无法测出的序列。另外，对于较短DNA 片段的测序，化学法不需要将它亚克隆到合适的测序载体上。最后，化学法是唯一能用于小分子质量的寡核苷酸的序列测定的方法。虽然准备用于测序的DNA 要花费大量时间，但现在开发出专门的载体如pSP64CS和pSP65 CS  ，可以直接对邻近待测序列的片段进行亚克隆和对未确定的单链末端进行标记，消除了需要耗费大拭时间的胶纯化步骤。这些载体的应用也使同时对大量样品进行测序的目标得以实现，因为对每个重组质粒的测序是以系统方式进行的。